２００８年８月科學技術部、財政部頒布的《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》規定：“重點實驗室實行分級分類管理制度，堅持穩定支持、動態調整和定期評估?！?/span>“重點實驗室是依托大學和科研院所建設的科研實體，實行人財物相對獨立的管理機制和“開放、流動、聯合、競爭”運行機制?！?/span>“中央財政設立專項經費，支持重點實驗室的開放運行、科研儀器設備更新和自主創新研究。專項經費單獨核算，?？顚Ｓ??！?/span>“國家各級各類科技計劃、基金、專項等應按照項目、基地、人才相結合的原則，優先委托有條件的重點實驗室承擔?！?/span>“科學技術部（以下簡稱科技部）是重點實驗室的宏觀管理部門，主要職責是：
　１．制定重點實驗室發展方針和政策，宏觀指導重點實驗室的建設和運行。
　２．編制和組織實施重點實驗室總體規劃和發展計劃。
　３．批準重點實驗室的建立、調整和撤銷。與重點實驗室簽訂工作計劃。組織重點實驗室評估和檢查?！?/span>“國務院有關部門、地方科技管理部門是重點實驗室的行政主管部門（以下簡稱主管部門），主要職責是：
　１．貫徹國家有關重點實驗室建設和管理的方針和政策，支持重點實驗室的建設和發展。
　２．依據本辦法制定本部門重點實驗室管理細則，指導重點實驗室的運行和管理，組織實施重點實驗室建設。
　３．聘任重點實驗室主任和學術委員會主任。
　４．落實重點實驗室建設期間所需的相關條件?！?/span>“依托單位是重點實驗室建設和運行管理的具體負責單位，主要職責是：
　１．優先支持重點實驗室，并提供相應的條件保障，解決實驗室建設與運行中的有關問題。
　２．　組織公開招聘和推薦重點實驗室主任，推薦重點實驗室學術委員會主任，聘任重點實驗室副主任和學術委員會委員。
　３．對重點實驗室進行年度考核，配合科技部和主管部門做好評估和檢查。
　４．　根據學術委員會建議，提出重點實驗室名稱、研究方向、發展目標、組織結構等重大調整意見報主管部門?！?/span>